A ABRAI atende pessoas Intersexo e seus familiares, por meio de parcerias com laboratórios, com ambulatórios e com médicos. A organização oferece serviços psicoterapêuticos e clínicos abrangentes, além de alojamento temporário para pessoas Intersexo e para seus familiares. Pessoas Intersexo enfrentam inúmeras dificuldades para acessar serviços de saúde, incluindo as abordagens terapêuticas e paliativas caras e de longo prazo e necessárias para as condições médicas crônicas associadas. Nos últimos anos e mais intensamente desde o início da pandemia Covid-19, a ABRAI tem apoiado famílias Intersexo, mães e bebês com várias complicações de saúde ou que vem enfrentando assédio médico, intervenções cirúrgicas não consensuais, como amputações e cirurgias cosméticas mutiladoras, violação do direito à documentação, entre outros. Como as pessoas Intersexo costumam viver na pobreza, a ABRAI arrecada e distribui doações para pessoas Intersexo economicamente vulneráveis.
Como a ABRAI tem sua atuação voltada para o combate à cirurgia genital Intersexo, a organização conscientiza sobre variações do sexo e questões do Intersexo, por meio da publicação de textos e de livros, concedendo entrevistas e participando de diversos fóruns, em contato com instituições do Estado e diversas organizações LGBTI da sociedade civil no Brasil e no mundo.
A organização acompanha, também, iniciativas legislativas e judiciárias sobre variações de sexo e questões Intersexo, com o objetivo de defender seus direitos, especialmente os direitos à vida, à documentação e à integridade física e psíquica das pessoas Intersexo.
Defendendo esse objetivo, a ABRAI atua, também, em políticas transversais de inclusão Intersexo junto com membros do Movimento Feminista e LGBTI e com a área da saúde, voltada para crianças, para jovens e para idosos.