A missão da ABRAI é proteger e promover os direitos humanos das pessoas intersexo no Brasil, através da conscientização sobre variações sexuais e questões intersexo em todos os níveis da sociedade, especialmente entre instituições médicas, políticas, jurídicas e educacionais, da defesa de políticas públicas para pessoas intersexo, e da promoção de campanhas de solidariedade para apoiar pessoas intersexo vulneráveis no Brasil.
